您母亲与您所生子女的户口登记，可能存在以下特殊情况影响处理：1.母亲或您的户口属于集体户口：若母亲或您的户口为集体户口（如单位集体户、学校集体户），部分地区对集体户口落户非婚生子女有额外限制，可能需要提供集体户口所属单位的同意证明，或要求将户口迁至个人户口后再办理孩子落户。2.当地户籍政策对非婚生子女落户有特殊规定：部分地区可能要求非婚生子女落户需提供更多材料，如父母双方的书面声明、街道办或居委会的证明等，若未满足当地特殊要求，会导致户口登记流程延长或受阻。3.孩子出生后父母一方失联：若母亲或您在孩子出生后失联，无法配合办理户口登记，需通过法院宣告失踪或确定抚养权，才能单独办理户口，这会增加办理的时间和难度。
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针对您母亲与您所生子女的户口登记问题，需依据相关法律规定明确亲子关系与抚养权的法律依据。根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条：“非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。”您与母亲所生子女属于非婚生子女，其户口登记需以明确的亲子关系和抚养权为前提。同时，《中华人民共和国户口登记条例》第七条规定：“婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。”因此，需先通过协商或诉讼确定抚养权归属，再由抚养人持出生证明、亲子关系证明（如亲子鉴定）、身份证明等材料办理户口登记，非婚生子女的户口登记权利受法律保护。
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关于您母亲与您发生性关系后怀孕，孩子出生时的户口登记问题，核心需先明确亲子关系及抚养权归属。孩子出生后的户口登记需先确定亲子关系及抚养权归属，具体需结合实际情况处理。1.若您与母亲能就孩子的抚养权及户口归属协商一致：可携带双方身份证、户口本、孩子出生证明、离婚协议（若有）等材料，共同到拟落户地派出所办理登记，户口可随您或母亲一方。2.若双方无法协商一致：需通过法院诉讼确定孩子的抚养权，凭法院生效判决书及相关材料办理户口登记。3.若亲子关系存在争议：需先通过亲子鉴定确认亲子关系，再按上述协商或诉讼流程办理户口。
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您母亲与您所生子女在户口登记过程中，可能面临以下法律风险：1.亲子关系证明缺失风险：若未进行亲子鉴定，户籍管理部门可能因无法确认亲子关系而拒绝办理户口登记。例如，您与母亲未做亲子鉴定，仅提供出生证明申请户口，派出所可能要求补充亲子关系证明，导致登记延误。2.抚养权争议导致的登记受阻风险：若您与母亲就抚养权无法协商一致，且未通过诉讼确定抚养权，户籍部门无法确定落户主体，会导致户口登记无法办理。例如，您主张孩子抚养权，但母亲不同意，双方均无法单独办理户口登记。

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